Министерство юстиции России внесло в список иностранных и международных неправительственных организаций, деятельность которых признана нежелательной на территории РФ, «Фонд Бориса Немцова за свободу» (Boris Nemtsov Foundation for Freedom), основанный дочерью убитого политика Жанной.
Также в перечень «нежелательных организаций», опубликованный на сайте ведомства, попали «Фонд имени Фридриха Науманна за свободу» (Friedrich-Naumann-Stiftung für die Freiheit, Friedrich Naumann Foundation) и украинский «Общественная организация „Центр гражданских свобод“» (Center for Civil Liberties, «Центр громадянських свобод»).
Упомянутые организации были внесены в список Минюста на основании решения Генпрокуратуры РФ, признавшей ранее их деятельность нежелательной в России.
«Фонд Бориса Немцова за свободу» основала Жанна Немцова в 2015 году. Фонд занимается организацией образовательных программ, поддерживает русскоязычные независимые медиа, предоставляет стипендии журналистам, активистам, исследователям и правозащитникам. Ежегодно фонд присуждает премию Бориса Немцова за смелость в отстаивании демократических прав и свобод.
Украинский «Центр гражданских свобод» в 2022 году был удостоен Нобелевской премии мира. Тогда награду также вручили российскому «Мемориалу» и белорусскому правозащитнику и председателю центра «Вясна» Алесю Беляцкому.
«Фонд имени Фридриха Науманна за свободу» начал свою работу в 1958 году, сейчас его представительства есть более чем в 60 странах мира. Московский филиал организации открылся в 1992 году. Совместно с партнерами в России фонд организовывал книжные ярмарки, показы фильмов, научные конференции и выставки.
Согласно российскому законодательству, нежелательными в России называют иностранные и международные неправительственные организации (НПО), деятельность которых признана представляющей угрозу основам конституционного строя страны, обороноспособности или безопасности государства. После признания организации нежелательной блокируются ее безналичные денежные средства и имущество в РФ, закрываются отделения и филиалы, запрещается распространение информационных материалов, в том числе через СМИ. Вводится запрет на осуществление в России программ или проектов нежелательных организаций, учреждение ими российских некоммерческих, общественных и религиозных организаций. Предусмотрено ограничение на въезд на российскую территорию лиц, участвующих в деятельности нежелательных организаций.
С 1 октября 2021 года отслеживанием транзакций с организациями, признанными нежелательными, занимается Федеральная служба РФ по финансовому мониторингу.
За участие в деятельности иностранной или международной организации, признанной нежелательной в России, налагаются штрафы (статья 20.33 КоАП РФ): на граждан — от 5 тыс. до 15 тыс. рублей; на должностных лиц — от 20 тыс. до 50 тыс. рублей; на юридических лиц — от 50 тыс. до 100 тыс. рублей. Тем, кто уже подвергался административному наказанию за сотрудничество с нежелательной организацией, грозит уголовная ответственность. За подобные преступления статья 284.1 УК РФ предусматривает минимальное наказание в виде штрафа от 300 тыс. до 500 тыс. рублей (или дохода осужденного за два или три года), обязательные или исправительные работы, максимальное наказание — лишение свободы на срок от двух до четырех лет.
Финансирование деятельности нежелательной организации наказывается обязательными или принудительными работами с возможным ограничением свободы либо лишением свободы на срок от одного года до пяти лет с возможным лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до 10 лет. Организация деятельности нежелательной организации наказывается исправительными или обязательными работами (с ограничением свободы на срок до двух лет или без такового) либо лишением свободы на срок от двух до шести лет с возможным лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до десяти лет.
Бориса Немцова убили 27 февраля 2015 года на Большом Москворецком мосту возле Кремля. В июле 2017 года суд на основании обвинительного вердикта присяжных приговорил исполнителей преступления — Заура Дадаева, братьев Анзора и Шадида Губашевых, Темирлана Эскерханова и Хамзата Бахаева — к лишению свободы на сроки от 11 до 20 лет в колонии строгого режима. Организаторов и заказчиков убийства так и не нашли.
В марте 2022 года журналисты Bellingcat, The Insider и Би-би-си обнаружили свидетельства того, что в течение года до убийства Немцова за ним следил человек, который мог быть связан с ФСБ. Расследование установило, что некий Валерий Николаевич Сухарев следовал за политиком по меньшей мере в 13 поездках по России. Как минимум один раз к Сухареву присоединился другой предполагаемый оперативник ФСБ — Алексей Кривощеков.
В июле 2023 года Европейский суд по правам человека установил, что российские власти «не смогли должным образом расследовать, кто организовал и заказал убийство» Немцова, и не учли «возможных политических мотивов» преступления. ЕСПЧ заключил, что «расследование оказалось неэффективным», и обязал Россию выплатить 20 тысяч евро Жанне Немцовой (она была заявителем жалобы) в качестве компенсации морального ущерба.
В октябре прошлого года депутат Госдумы Адам Делимханов сообщил, что бывший замкомандира батальона «Север» Руслан Геремеев возглавил новый чеченский батальон Минобороны, который будет носить имя первого имама Кавказа шейха Мансура. Геремеев был фигурантом дела об убийстве Бориса Немцова. Потерпевшая сторона считает Геремеева организатором преступления. По версии следствия, во время подготовки преступления он тесно общался с исполнителями убийства — своими подчиненными по батальону «Север» Зауром Дадаевым и Бисланом Шавановым (Шаванов не предстал перед судом, так как подорвал себя гранатой при попытке задержать его).
Российские правоохранители пытались допросить Геремеева и направляли в Чечню соответствующие повестки. Однако в республике ответили, что по месту проживания Геремеева «дверь никто не открыл». Аналогичная ситуация сложилась с его братом Артуром. Позже стало известно, что оба проходят по делу в статусе свидетелей.
Адвокат семьи Немцова Вадим Прохоров говорил, что «лично видел проект о предъявлении Геремееву обвинения, но ему не был дан ход руководством Следственного комитета за недостатком улик», хотя в деле было «огромное количество» доказательств виновности Руслана Геремеева.
